爱德华和阿尔冯斯兄弟二人，为了找回失去的一切，在旅途中寻找贤者之石，揭示世界的真相。
传说中的“奇迹世代”第六人黑子哲也，与搭档火神大我一起，挑战曾经的队友。
公主伊丽莎白寻找叛国的骑士团“七大罪”，与团长梅利奥达斯一起，拯救陷入危机的王国。